基于微生物全基因组测序数据分析

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　　沙门氏菌是一种常见的食源性致病菌。其鉴定的传统方法主要是根据形态学特征、培养特征、生理生化特征、抗原特征、噬菌体特征等。感染沙门氏菌的人或带菌者的粪便污染食品，可使人发生食物中毒。据统计在世界各国的种类细菌性食物中毒中，沙门氏菌引起的食物中毒常列榜首。

　　沙门氏菌在水中不易繁殖，但可生存2-3周，冰箱中可生存3-4个月，在自然环境的粪便中可存活1-2个月。沙门氏菌最适繁殖温度为37℃，在20℃以上即能大量繁殖，因此低温储存食品是一项重要预防措施。【部分资料来源网络】

　　随着[url=http:///www.illumina.com.cn/areas-of-interest/cancer/research/cancer-dna-sequencing/cancer-whole-genome-seq.html]全基因组分析[/url]的发展及测序成本的降低，传统的鉴定分型方式正在被基于全基因组测序数据的分析方法所取代，如菌种鉴定、血清型分析、ST型分析，耐药和毒力基因分析及表型预测等均可通过WGS数据分析的方式获得，相比于常规血清分型、药敏试验，WGS 方法可批量分析沙门氏菌的血清型和耐药性，具有效率高、准确率高、操作简便的优势，在沙门氏菌流行病学的研究中具有较高的应用价值。

　　在中科助腾GenesClouds微生物数据分析平台进行沙门氏菌血清型鉴定、耐药和毒力基因及表型预测、菌种鉴定、cgMLST、wgSNP等，通过基于特征值的快速比对，可实现近缘食源性致病菌的快速识别与筛选，为基于基因组学的多领域、跨时空的微生物精准溯源及耐药性、致病性、毒性等识别和预测分析提供科学数据支持。